La technologie NGS permet d’analyser à haut débit et sans à priori toutes les molécules d’ARN d’un échantillon. Sur la plateforme, nous vous proposons un service de préparation des librairies, de séquençage haut débit (Next Generation Sequencing – NGS) et d’analyses des données obtenues. Le séquençage des librairies est effectué en collaboration avec la plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (INRAe PGTB).
Nous vous proposons plusieurs types d’analyses afin de répondre au mieux à vos projets :
1. Analyse des ARN messagers : mRNA-seq
2. Analyse des ARN totaux (via ribodéplétion) : total RNA-seq
3. Analyse des micro-RNAs : small RNA-seq
4. Analyse de neurone unique (Patch-clamp + RNA-seq) : Patch-seq
5. Analyse à partir de faible quantité de matériel : mRNA-seq low input
6. Analyse single cell 3’ mRNA-seq
7. Analyse de Transcriptomique Spatiale
Grâce à des financements de « Bordeaux Neurocampus » et de la « Fédération des plateformes mutualisées de l’Université de Bordeaux », nous sommes équipés de plusieurs automates pour gérer les projets de grande envergure :
- Analyse à haut débit des ARN totaux, des cDNA et des librairies : LabChip GX Touch (Revvity)
- Synthèse de librairies NGS (jusqu’à 96 librairies en 2 jours) : Biomek i5 (Beckman)
La plateforme transcriptomique vous propose un service clé en main de l’extraction de vos échantillons au séquençage. Venez l’essayer !
Le protocole se divise en plusieurs étapes : extraction des acides nucléiques, analyses quantitative et qualitative, synthèse des librairies NGS et séquençage.
Le séquençage haut débit est multi parallélisé et consiste à déterminer les séquences des molécules d’ARN présentes dans les échantillons. Grâce à l’utilisation d’outils bio-informatiques, les séquences sont alignées sur un génome de référence afin d’identifier les gènes exprimés dans les échantillons et leur niveau d’expression.
On peut ensuite faire de l’analyse différentielle entre groupes d’échantillons biologiques afin de déterminer les transcrits sur ou sous-exprimés dans la condition testée comparée à la condition contrôle.
Email du service : ngs.u1215@inserm.fr
NEUROCENTRE MAGENDIE - U1215 146, rue Léo Saignat 33077 Bordeaux cedex France Tél. +33 (0)5 57 57 36 79
