ddPCR


Journée dPCR - Le 16 Mai 2017

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Le Neurocentre Magendie à l’heure de la PCR 3ème génération


La PCR 3ème génération exploite la technique de PCR numérique (ou PCR digitale) : c’est une technique de PCR par microfluidique basée sur le partionnement des échantillons. Fractionnés en 20.000 gouttelettes par émulsion eau-huile, les échantillons sont quantifiés de manière absolue dès les plus petites quantités.

Grâce à des financements de l’Inserm, le Neurocentre Magendie s’est équipé du Droplet digital PCR (ddPCR) Bio-Rad dès l’automne 2016 et a depuis développé des protocoles de quantification de stocks viraux, d’expression génique et de quantification à l’échelle de la cellule isolée. Venez l’essayer !


Commercialisée par Biorad en Europe depuis 2012, la ddPCR n’est pour l’instant disponible dans aucune autre plateforme académique en France. La plateforme du Transcriptome propose un service unique pouvant aller jusqu’à la sous-traitance complète de votre projet de ddPCR.


Principe de la technique


La PCR 3ème génération par ddPCR consiste en la quantification absolue des échantillons sans gamme standard en technologie EvaGreen ou sondes fluorescentes. La technique de PCR employée est une technique de microfluidique basée sur le partionnement des échantillons en 20000 gouttelettes par émulsion eau-huile. Les matrices présentes dans chacune des gouttelettes individuelles sont ensuite amplifiées par PCR et le nombre de copies/µl est calculé en s’appuyant sur la loi statistique de Poisson.


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Copyright Bio-Rad. Schéma reproduit avec l’aimable autorisation de BioRad.

Les avantages de la ddPCR par rapport à la qPCR sont nombreux :

- Elle permet une quantification absolue : titre exact en nombre de copie par µl. Il n’est plus nécessaire d’établir une courbe standard préalable (Expression génique par ratio direct pas de ∆∆Ct)

- Elle est plus sensible : elle permet la détection de mutations rares, fonctionne avec des ARN dégradés et est moins sensible aux inhibiteurs. 

- Elle est plus précise, +/- 10% précision c’est-à-dire 0,15 Ct. Il n’est également plus nécessaire de faire des réplicas techniques


Inventaire des applications


- Quantification absolue : expression génique (visualisation de faibles variations d’expression et à partir de faible quantité de matériel : single cell), quantification des bibliothèques de NGS, quantification des stocks viraux et de mi-RNA

- Analyse de la variation du nombre de copies (CNV)

- Détection d’évènements rares (jusqu’à 0.001% de mutants).


Les Plateformes du Neurocentre Magendie


Le Neurocentre Magendie mène depuis plus de 10 ans une politique très active de développement de ses services communs avec 2 priorités : se doter des meilleurs équipements et former les personnels pour offrir un service clef en main. Le centre propose aujourd’hui les services de 4 plateformes (microdissection laser, transcriptome, génotypage et chimie analytique) sur une surface de plus de 250 m2 et avec l’expertise de 9 ingénieurs ou techniciens.

En une dizaine d’années, les plateformes du Neurocentre Magendie se sont forgé une solide réputation et travaillent aujourd’hui avec 30 laboratoires académiques bordelais (11 Inserm et 19 autres), avec 26 laboratoires académiques sur le reste du territoire français et avec 8 laboratoires privés. L’expertise des plateformes du centre s’étend des Neurosciences à la cancérologie en passant par la biologie végétale et la biologie du développement.

Plus d’informations : www.neurocentre-magendie.fr/services/services_techniques.php


Adresse et contacts


NEUROCENTRE MAGENDIE - U1215
146, rue Léo saignat
33077 Bordeaux cedex
France

Thierry Leste-Lasserre, responsable de la plateforme de transcriptome
thierry.leste-lasserre@inserm.fr
Tél. +33 (0)5 57 57 36 67, Fax +33 (0)5 57 57 36 69

Galerie de photos


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Légende 1 : Préparation des gouttelettes à l’aide du générateur de gouttelettes automatique
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Légende 2 : Lecture des résultats (QX200 Droplet Reader)
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Légende 3 : Analyse des résultats